Първият сезон съдържа общо 22 епизода. Линкълн Бъроуз (Доминик Пърсел) е обвинен в убийството на Терънс Стедман, брат на вицепрезидента на САЩ. Със силни доказателства, подкрепящи обвинението в убийство от първа степен, Линкълн е осъден на смърт и изпратен в затвора Фокс Ривър, за да чака деня на екзекуцията си. Братът на Линкълн, Майкъл Скофийлд (Уентуърт Милър), е убеден в невинността на Линкълн и измисля гениален план за бягство. След като Майкъл влиза нарочно във Фокс Ривър, той трябва да преодолее различни препятствия и да се свърже с определени затворници, за да се осъществи успешно планът му. Вероника Донован (Робин Тъни) започва да разследва конспирацията, която вкарва Линкълн в затвора. Агенти от организация, известна като „Компанията“, пречат на Вероника да стигне до истината.